Etter en kraftig storm skylles Link i land på den mystiske øya Koholint. For å komme hjem må han begi seg ut på et farlig eventyr fullt av uhyggelige grotter og fryktelige monstre. Denne moderne tolkningen av eventyret inneholder mange av de unike elementene som fantes i det opprinnelige spillet. For eksempel rom inspirert av 2D-plattformspill og karakterer som stammer fra andre spillserier enn The Legend of Zelda.